Krzewieniem chrześcijaństwa wśród ludności tubylczej zajmowali się gł. franciszkanie (od 1508), dominikanie (1528), mercedariusze (1537), kapucyni (1560), augustianie (1575) i jezuici (1590). Ewangelizacja miała się odbywać w języku tubylców (ukazywały się katechizmy w językach indiańskich), jednak pod wpływem dążeń asymilacyjnych w K. zaczął dominować język hiszpański. W miastach: Santa Marta (1534), Cartagena (1534), Popayán (1546) i Bogota Korona hiszp. zakładała biskupstwa, które 1564 połączono w prowincję kośc. z siedzibą arcybiskupią w Bogocie. Wielu duchownych (m.in. J. dell Valle, L. Beltrán) popadło w konflikt z encomenderos i strukturami państw. na tle złego traktowania Indian. Aby uniknąć niekorzystnego wpływu hiszp. osadników, zakony wyznaczały nowe, odległe regiony misyjne (np. dominikanie w Sierra Nevada de Santa Marta, franciszkanie w Chocó, kapucyni w Guajira, jezuici nad górnym Orinoko). Spadek liczby autochtonicznej ludności na obszarach nizinnych i rozwój górnictwa przyczyniły się w XVII w. do wzmożonego napływu niewolników z Afryki. Jezuici A. de Sandoval i P. Klawer z zaangażowaniem zajmowali się duszpasterstwem ludności afrykańskiej. Założony 1610 w Cartagenie trybunał inkwizycyjny blokował wszelką działalność misyjną niekatol. Kościołów w Nowej Granadzie: uwięziony w Cumaná i stracony 1622 A. Edon jest uważany za pierwszego protest. męczennika.
